Table S9. Genome-wide genetic differentiation and nucleotide diversity for populations with multiple high-coverage focal chromosomes, averaged across the five focal chromosome arms. Values below the diagonal are FST, values above the diagonal are Dxy, and bold values on the diagonal are nucleotide diversity. Distance from the D. melanogaster reference genome is given in the bottom row.

Population	CO	EA	EB	ED	EF	EM	ER	EZ	FR	GA	GU	KN	KR	NG	RAL	RC	RG	SB	SD	SE	SF	SP	TZ	UG	UK	UM	ZI	ZS
CO	0.00731	0.80228	0.79729	0.81471	0.79259	0.80984	0.81214	0.80438	0.82126	0.77673	0.76751	0.82387	0.81408	0.76648	0.81800	0.81155	0.80484	0.87108	0.85431	0.83310	0.86138	0.87706	0.81810	0.79093	0.79349	0.75927	0.88052	0.85571
EA	0.09533	0.00734	0.70591	0.72080	0.70557	0.71462	0.71730	0.73417	0.80175	0.80840	0.80348	0.82904	0.81999	0.80294	0.80340	0.81903	0.81104	0.86671	0.85090	0.83550	0.86189	0.87232	0.82499	0.79891	0.80335	0.77411	0.87678	0.85423
EB	0.13609	0.01261	0.00665	0.68255	0.67243	0.66963	0.68018	0.70978	0.81671	0.80521	0.79944	0.82491	0.81539	0.79929	0.81596	0.81394	0.80683	0.85970	0.84492	0.82913	0.85545	0.86453	0.81915	0.79610	0.79928	0.77021	0.86842	0.84658
ED	0.16215	0.04333	0.03785	0.00651	0.65330	0.68878	0.64478	0.68628	0.82079	0.81919	0.81536	0.84001	0.83120	0.81572	0.82229	0.83111	0.82429	0.87268	0.85678	0.84310	0.86953	0.87942	0.83544	0.81414	0.81580	0.78774	0.88323	0.86228
EF	0.14823	0.03395	0.03642	0.01489	0.00639	0.67791	0.64184	0.68199	0.80926	0.79982	0.79403	0.82114	0.81141	0.79370	0.80898	0.80858	0.80209	0.85561	0.84131	0.82471	0.85179	0.86121	0.81425	0.79097	0.79478	0.76647	0.86514	0.84335
EM	0.14296	0.01979	0.00233	0.03820	0.03643	0.00675	0.68637	0.71763	0.83130	0.81752	0.81157	0.83796	0.82757	0.81180	0.82951	0.82523	0.81844	0.87150	0.85537	0.84095	0.86744	0.87646	0.83170	0.80743	0.80959	0.78309	0.88038	0.85898
ER	0.17157	0.05246	0.05012	0.00382	0.01124	0.04926	0.00630	0.67840	0.82464	0.81871	0.81307	0.83974	0.83014	0.81238	0.82446	0.82916	0.82174	0.87252	0.85689	0.84178	0.86858	0.87863	0.83352	0.81175	0.81329	0.78602	0.88268	0.86125
EZ	0.13815	0.04074	0.05427	0.02887	0.03623	0.05915	0.03142	0.00671	0.80903	0.79870	0.80323	0.81807	0.80545	0.79130	0.81141	0.82550	0.81695	0.86002	0.84969	0.82371	0.85640	0.87348	0.81235	0.80900	0.80452	0.76777	0.87534	0.85518
FR	0.23390	0.20834	0.26781	0.27860	0.27874	0.27538	0.29355	0.25397	0.00539	0.80111	0.81758	0.82193	0.82577	0.81472	0.58289	0.84517	0.83745	0.86130	0.85261	0.84050	0.86279	0.87849	0.84163	0.82846	0.82682	0.79212	0.88409	0.86423
GA	0.03751	0.07581	0.11906	0.14137	0.12993	0.12522	0.15255	0.10689	0.18978	0.00767	0.77789	0.82073	0.80870	0.76788	0.80323	0.81903	0.81032	0.86750	0.85240	0.82983	0.85731	0.87725	0.81655	0.79966	0.79570	0.76152	0.88042	0.85765
GU	0.03822	0.08202	0.12409	0.14823	0.13465	0.13048	0.15761	0.12253	0.21578	0.02450	0.00755	0.82423	0.81419	0.76386	0.81499	0.81582	0.80821	0.87114	0.85418	0.83353	0.86073	0.87785	0.81834	0.79585	0.79579	0.76356	0.88138	0.85726
KN	0.08421	0.08421	0.12414	0.14646	0.13776	0.13294	0.15756	0.11465	0.19050	0.05829	0.07140	0.00791	0.78437	0.81717	0.82415	0.82946	0.81871	0.83779	0.82859	0.79701	0.83450	0.85312	0.78322	0.82126	0.80734	0.77282	0.85259	0.83455
KR	0.08025	0.08251	0.12169	0.14566	0.13471	0.12887	0.15687	0.10860	0.20715	0.05195	0.06738	0.00674	0.00772	0.80151	0.82432	0.81998	0.80726	0.83822	0.82781	0.77713	0.82665	0.85406	0.75609	0.80834	0.78906	0.76009	0.85137	0.82023
NG	0.04896	0.09337	0.13556	0.16079	0.14720	0.14280	0.16862	0.12175	0.22628	0.02625	0.02982	0.07726	0.06793	0.00732	0.81274	0.81537	0.80587	0.86465	0.84678	0.82266	0.85271	0.87205	0.80941	0.79544	0.78989	0.75637	0.87679	0.85318
RAL	0.20251	0.18172	0.23941	0.25261	0.25123	0.24623	0.26663	0.22876	0.03757	0.16260	0.18467	0.16575	0.17579	0.19537	0.00585	0.84235	0.83530	0.86333	0.85362	0.84044	0.86537	0.87891	0.84210	0.82562	0.82520	0.79112	0.88534	0.86448
RC	0.07783	0.08357	0.12203	0.14769	0.13411	0.12874	0.15780	0.12865	0.22398	0.06048	0.06904	0.05361	0.05051	0.08051	0.19393	0.00783	0.78894	0.86228	0.84536	0.82733	0.85625	0.86794	0.81729	0.78965	0.78731	0.77626	0.87139	0.84741
RG	0.07138	0.07451	0.11498	0.14151	0.12787	0.12199	0.15020	0.12066	0.21725	0.05150	0.06157	0.04502	0.03816	0.07188	0.18794	0.01136	0.008028529	0.85579	0.83965	0.81629	0.84728	0.86238	0.80347	0.78607	0.77686	0.76875	0.86476	0.84061
SB	0.11049	0.10005	0.13380	0.15294	0.14699	0.13975	0.16301	0.13052	0.20373	0.08399	0.09873	0.02879	0.03925	0.10377	0.17876	0.06325	0.05920	0.00850	0.83021	0.81936	0.84251	0.85155	0.82578	0.86299	0.84849	0.82481	0.85026	0.84147
SD	0.11313	0.10398	0.13870	0.15704	0.15272	0.14434	0.16758	0.13964	0.21491	0.08750	0.09994	0.04000	0.05114	0.10451	0.19019	0.06469	0.06178	0.00223	0.00814	0.81077	0.82125	0.81401	0.81795	0.84564	0.83327	0.81014	0.84055	0.82357
SE	0.10438	0.10132	0.13758	0.15891	0.15081	0.14465	0.16879	0.12879	0.21978	0.07762	0.09193	0.02129	0.01160	0.09404	0.19367	0.06296	0.05118	0.01878	0.02345	0.00781	0.81097	0.83608	0.74224	0.82581	0.80333	0.78289	0.83381	0.79924
SF	0.11001	0.10516	0.13996	0.16054	0.15355	0.14616	0.17053	0.13741	0.21688	0.08228	0.09634	0.03444	0.03482	0.10109	0.19280	0.06323	0.05877	0.00756	0.00292	0.01420	0.00823	0.84610	0.81420	0.85380	0.83659	0.81228	0.85504	0.83780
SP	0.11895	0.10880	0.14112	0.16217	0.15494	0.14750	0.17223	0.14551	0.22130	0.09549	0.10651	0.04816	0.06131	0.11283	0.19673	0.07131	0.06943	0.00962	-0.01534	0.03527	0.01443	0.00840	0.84460	0.86730	0.85680	0.83463	0.86225	0.84635
TZ	0.14226	0.14459	0.18261	0.20681	0.19638	0.19028	0.21539	0.17275	0.27368	0.11738	0.12793	0.05657	0.04083	0.13382	0.24887	0.10308	0.09044	0.07060	0.08680	0.01707	0.07242	0.09683	0.00678	0.81264	0.79122	0.76952	0.84088	0.78773
UG	0.06212	0.06908	0.11242	0.14032	0.12510	0.11847	0.14928	0.12046	0.21894	0.04531	0.05438	0.05605	0.04538	0.06694	0.18773	0.02314	0.02130	0.07795	0.08022	0.07294	0.07790	0.08574	0.11197	0.00767	0.77891	0.75910	0.87197	0.84633
UK	0.06119	0.06918	0.11000	0.13586	0.12321	0.11530	0.14510	0.11158	0.21242	0.03734	0.05046	0.03775	0.02277	0.05703	0.18320	0.01388	0.00294	0.05924	0.06238	0.04315	0.05364	0.07028	0.08426	0.01338	0.00775	0.75589	0.85720	0.83358
UM	0.03954	0.05642	0.09942	0.12440	0.11114	0.10836	0.13352	0.09241	0.20076	0.01855	0.03512	0.02924	0.01002	0.03808	0.17389	0.03750	0.02383	0.06312	0.07120	0.04907	0.06338	0.08054	0.08043	0.01441	0.00703	0.00755	0.83479	0.81480
ZI	0.11067	0.10134	0.13291	0.15389	0.14666	0.13954	0.16372	0.13614	0.21520	0.08744	0.09897	0.03593	0.04688	0.10666	0.19110	0.06370	0.05951	-0.00183	0.00587	0.02329	0.01371	0.01298	0.08308	0.07872	0.05881	0.06961	0.00854	0.84876
ZS	0.09946	0.09360	0.12652	0.14907	0.14079	0.13423	0.15909	0.13124	0.21286	0.07789	0.08794	0.02908	0.02553	0.09680	0.18672	0.05196	0.04766	0.00591	0.00243	-0.00851	0.01010	0.01271	0.04115	0.06589	0.04703	0.05865	0.00328	0.00832
																												
Dist. to Ref	0.008209296	0.007959554	0.008080379	0.008184229	0.008011135	0.008275099	0.008204476	0.008098108	0.005435	0.0080389	0.008189821	0.00828821	0.008309176	0.008189557	0.005666495	0.008435971	0.008365173	0.008643045	0.008485894	0.008371269	0.008520184	0.008768547	0.008447304	0.008291729	0.008254683	0.008218805	0.008825146	0.008579805